1、全面准确的检测了两种小鼠胚胎干细胞的DNA甲基化修饰并进行了系统的比较；同serum ESCs相比，雄性2iESCs全局低甲基化；在血清中，雌性ESCs跟雄性2i ESCs类似呈现全局低甲基化，而在2i ESCs状态下，甲基化水平会进一步降低。
2、蛋白质污染对样品的纯度有明显的影响，不适合RRBS测序。2， 简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS）是利用限制性内切酶对基因组进行酶切，然后进行Bisulfite测序对基因组甲基化展开分析。
3、革新性地，APOBEC偶联甲基化表观测序（ACE-seq）和酶法甲基化测序（EM-seq）以酶法取代传统化学处理，ACE-seq通过AID/APOBEC脱氨酶识别5hmC，保证了样本的完整性；EM-seq则通过TET2和脱氨酶的协同作用，同时监测5mC和5hmC的动态。
1、【北码科技：生物科技样本管理创新的领航者】在生物科技行业领域崭露头角，北码科技与生物领域巨头——北京百迈客生物科技有限公司携手共进，签订了一项具有里程碑意义的三年合作协议。这份协议不仅彰显了北码科技深厚的技术实力和专业素养，更是对我们的团队背景和信誉的有力肯定。
2、公司发展很快，在国内高通量测序行业算是挺不错的。现在分3块：医学检测，科研服务，生物云平台。
3、企知道数据显示，北京百迈客生物科技有限公司成立于2009-05-05，注册资本2619万人民币，参保人数258人，是一家以从事批发业为主的国家级高新技术企业。公司曾先后获授“国家高新技术企业”、“省级企业技术中心”、“省级瞪羚企业”等资质和荣誉。
4、百迈客是国家级高新技术企业，基于高通量测序技术和生物信息技术，开展以科研外包服务、分子诊断服务和分子育种服务为主体的业务方向，业务已覆盖全国30个省、市、自治区，并于2013年被评为“德勤高科技、高成长亚太500强企业” 。
5、在国内高通量测序科技服务行业还是很不错的，公司很注重创新，是第一个推出简化基因组系列产品的，其他公司都是跟着模仿的。
排序、去重 首先按照比对的基因组坐标进行排序 去除多重比对、重复、未比对上的reads 最后就得到了排序且去重的BAM文件了 提取甲基化信息 至此，所有CpG位点就全部被提取出来了。将CpG位点保存为 GR 文件 由于测序是区分正负链的，而在分析的时候不区分，所以需要合并正负链的信息。
DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。 首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。
第五列为甲基化数目 第六列为未甲基化数目 在这里，需要对我们的数据利用R，linux或者python整理成DSS包所需输入文件格式。这里我使用python整理的输入文件格式。
载入两个包DSS和bsseq（需要该包构建obj对象） 利用DMLtest函数call DML，分为一下几个步骤：根据甲基化水平进行loci的差异分析 根据dmlTest来call DML 当然，用户也可以指定差异的阈值，只有差异大于阈值的才会被call出来。
亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。DNA甲基化文件格式如下：每一行是一个甲基化位点，其中，coverage代表覆盖这个位点的reads数，freqC和freqT分别代表发生甲基化和未发生甲基化胞嘧啶的比例。
DNA样品里污染蛋白质会明显降低样本纯度，不适合RRBS测序。
ELISA： 快速简便，但稳定性欠佳，适用于显著变化研究，100ng-2ug DNA适用，适合快速初步筛查。重复序列DNA甲基化（LINE-1）： 评估全基因组甲基化水平，虽然灵敏度较低（约0.5%），但适合大规模评估。
相比于WGBS技术，RRBS是一种准确、高效且经济的DNA甲基化研究方法，通过酶切，并进行Bisulfite测序，该方法在保证DNA甲基化状态检测的高分辨率的同时提升测序数据的高利用率。
简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS）是利用限制性内切酶对基因组进行酶切，富集启动子及CpG岛等重要的表观调控区域并进行重亚硫酸盐测序。
因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。DNA甲基化作为基因组上的表观修饰（区别于组蛋白修饰），存在于各种生物中。虽然CpG序列出现的频率并不高，但是在某些基因区域内，CpG的密度很高，俗称CpG岛。
灵活度高能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序无需已知的基因组序列信息。检测范围广覆盖整个基因组范围的甲基化区域。精确度高能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。数字化信号直接对甲基化片段进行测序和定量不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
载入两个包DSS和bsseq（需要该包构建obj对象） 利用DMLtest函数call DML，分为一下几个步骤：根据甲基化水平进行loci的差异分析 根据dmlTest来call DML 当然，用户也可以指定差异的阈值，只有差异大于阈值的才会被call出来。
