Q1：（AnnexinV-FITC）-/PI+，此区域的细胞为坏死细胞。也可能有少数的晚期凋亡细胞在其中，甚至机械损伤的细胞也包含其中。Q2：（AnnexinV+FITC）+/PI+，此区域的细胞为晚期凋亡细胞。Q3：（AnnexinV-FITC）+/PI-，此区域的细胞为早期凋亡细胞。Q4：（AnnexinV-FITC）-/PI-，此区域的细胞为活细胞。
需要在散点图上先画出4个象限，位置根据无染色的阴性细胞先定出左下象限。Annexin V是一种检测细胞凋亡的试剂，在正常细胞中，磷脂酰丝氨酸只分布在细胞膜脂质双层的内侧，细胞发生凋亡早期，膜磷脂酰丝氨酸（PS）由脂膜内侧翻向外侧。
在凋亡发生的各个过程当中，都有相应的流式细胞仪的检测方法，可以采用以下检测方法：线粒体功能 DNA Cycle Caspases Annexin V Assay DNA Fragmentation Assays 基本上涵盖了细胞凋亡的各个期，对各种检测方法的原理和特点做一个简单介绍。
流式检测细胞凋亡的原理 Annexin V和PI双染法是流式检测细胞凋亡的经典方法 ，它是基于凋亡的早期细胞膜上的磷脂酰丝氨酸（phosphotidylserine， PS）从细胞膜的内侧翻转到细胞膜的表面这一原理来实现的（如下图3）。
博凌科为解仅供参考一下：流式样品的准备：DNA含量的测定：用本法可以测定细胞周期、细胞倍体和凋亡，在样品的制备中存在的问题主要是细胞的聚集和碎片，建议在固定细胞时加入3％小牛血清。
不是。FlowJo是一款流式细胞术数据分析软件，功能强大，可以帮助用户分析细胞凋亡等实验结果，但这并不是唯一的选择。有很多其他的软件也可以用来分析来自流式细胞仪的凋亡图片或数据。这些软件包括：BDFACSDiva、FCSExpress和Cytobank等。因此流式凋亡的图片不是必须用flowj处理。
结果是不可以一起分析的，一般来说，细胞增殖用酶标仪做的，结果很好处理。但是流式细胞凋亡和周期一般用Flowjo软件分析。两个实验的结果是两组数据，分析方法也有一些不同，具体分析方法网上有教程。最终计算结果也不一样，比如凋亡计算的是凋亡率（早期凋亡+晚期凋亡）；周期计算的是GS、G2等。
凋亡blank不是最好的阴性对照，应该是用IGg同型对照最好，所以圈门可以根据单染FITC和PI来看结果。FITC标记的 Annexin V 染色先于细胞凋亡或细胞坏死过程中伴随产生的细胞膜完整性丧失的出现。
flowjo改细胞凋亡的颜色方法如下：对数轴和线性轴之间的转换。调整参数轴的范围。直方图中对纵轴调整布局编辑器（Layout）中对Y轴的调整。在布局编辑器（Layout）中对参数轴名称等属性的调整即可设置颜色。
多用于检测线粒体膜电位，也常用于细胞凋亡检测。它可以快速通过细胞膜，仅需几分钟就可以被具有活性的线粒体所俘获，并且对细胞没有任何毒性。Rhodamine 123还用于对许多种细胞进行染色，包括植物细胞和细菌，由于细胞内ATP的量与Rh123的荧光强度之间有相关性，因此Rh123也被用于检测细胞内的ATP。
1、 间接免疫荧光法检测CD16 取1×106个细胞，悬浮于100μl 2% BSA中，室温封闭30分钟，加 CD16单克隆抗体（Immunotech SA公司产品），在室温作用30分钟后，用PBS洗涤2次，再悬浮于100μl 2％BSA中，加FITC 标记的羊抗鼠IgG（Gibco公司产品）室温暗染20分钟后洗去二抗。
2、制备单细胞悬液，使用不同颜色的荧光标记的抗体，如CD3-FITC，CD19-APC等。将细胞和抗体孵育，不同种类的细胞表面表达的抗原不同，因此会标记不同颜色的抗体，然后到流式细胞仪检测荧光信号。这是大概的过程和原理。但流式细胞仪每天使用前要校准，这样检测出来的数据才准确。
3、小鼠B细胞： CD45R/B220（相应mAb为RA3- 6B2）是小鼠全B细胞最常用标记，但特异性的标记和人相同，仍为CD1小鼠T细胞：小鼠重要的T细胞标记有Thy- 1（CD90）和成熟T细胞标记CD3e。CD4和CD8可用于区别辅助性T细胞和杀伤性T细胞。
4、用DIOC18（3）（3，3，-dioctadecyloxacarbocyanine perchlorate）标记靶细胞膜，用红色荧光核染料PI（propidium iodide）标记效应细胞和死亡靶细胞，通过流式细胞分析可清楚区分2类细胞。在用人和猪的外周血单核细胞（PBMC）作效应细胞时可观察到靶细胞溶解%与不同E：T比之间存在良好相关。
5、不同药物梯度下，小鼠服用后，这些细胞因子的变化，你可以采集小鼠外周血，用cba染色，再在流式下面检测就好了。注意设置阳性对照。
1、用100ulPBS重悬，加入10ul大鼠血清封闭（或者其他封闭剂），4度，避光，30min。4，加入相应的荧光标记的抗体，混匀，避光，4度孵育30min。5，加入1mlPBS洗两遍（3500rpm，4度，离心）。6，用200ul PBS重悬，经纱布过滤转至流式管，上级检测。
2、制备细胞悬液，计数 分装，按照每个EP（5ml）管1-2*10 6个细胞分装，3500rpm，4度离心。用100ulPBS重悬，加入10ul大鼠血清封闭，4度避光30min。加入相应的荧光标记的抗体，混匀，避光，4度孵育30min。加入1mlPBS洗两遍。
3、加入溶血素1ml，震荡后室温避光10分钟。离心，1200转， 5分钟。弃上清，震荡。加入PBS洗液2ml，震荡，离心，1200转， 5分钟。弃上清，震荡。加入PBS 900l。上机前4度保存。上机。
